События игры разворачиваются на постапокалиптической Земле, практически уничтоженной злом под названием Корень. Оно попало на планету в результате экспериментов, связанных с путешествиями между мирами. Корень распространялся по всей мультивселенной, но главный герой Remnant: From the Ashes разорвал его связь с Землей. Это вроде бы спасло планету.

В Remnant 2 мы видим, что человечество потихоньку восстанавливается. Но порожденные Корнем монстры все еще терроризируют людей. Новый герой находит лагерь выживших «Убежище 13» — из него протагонист первой части путешествовал между мирами с помощью специального кристалла.

Теперь кристалл неактивен. Это ненадолго: в начале игры он реактивируется. Разумеется, Корень на самом деле никуда не делся, и людям снова грозит опасность. Главный герой, как и его предшественник, отправляется в путешествие по разным мирам. Цель — в очередной раз спасти человечество и мультивселенную.