События Phantom Liberty происходят до финала оригинальной игры в Догтауне — ранее недоступном районе Найт-Сити. Над этим кварталом, где обитают бандиты разных мастей, недавно сбили шаттл президента Новых Соединённых Штатов Америки. Теперь главе государства угрожает Курт Хансен — лидер Догтауна и бывший торговец оружием, у которого в подчинении находится собственная армия. Ви предстоит отправиться в новый район, связаться с агентом под прикрытием по имени Соломон Рид (его играет актёр Идрис Эльба) и спасти президента.